奈良県は，大和マナを大和の伝統野菜と認定し，生産・販売支援に力を注いでいるが揃いが悪い点や収穫後の外葉が黄化しやすいなどの欠点があり，広く流通・販売されるには至っていない．そこで，大和マナの欠点を克服するために自家不和合性を利用したF1品種の育成に取り組んでいる．奈良県内6か所の異なる地域で集団採種されてきた大和マナ系統が保有するSハプロタイプを推定するため，各系統からクラスISLGとクラスIISP11対立遺伝子をPCRクローニングした．得られた増幅断片の配列から，27種類のクラスIと4種類のクラスII Sハプロタイプの計31種類が同定された．また，各系統に蓄積されているSハプロタイプをもとにクラスター分析を行ったところ農総セ系・ナント系，高田系・五條系・フカセ系および大和農園系の3グループに分類された．
