日本直腸肛門学会は1940年に専門分科の確立と斯学の進歩発展を期して, 在野の専門家有志によって創設された. 1961年, 学会名を日本大腸肛門病学会に改めた.
当初は会員数は500名位であったが1970年代になって増加し, 現在では5,000名をはるかに越えた.
学術総会は年1回定期的に行われ, 機関誌も定期的に刊行されている. 初期の総会は比較的小規模であったが1970年以後, 年々拡大し演題数・参加者が増加した. 1995年には第50回総会が行われた. 学会誌は近年になり発行号数と頁数が増加し, 現在年10回発行されている. また2つの地方会があり, その他多くの国内学会や研究会に関連し, 国際学会の開催や後援, それらとの交流も行われて来た. また, 1992年から学会専門医の認定を行っている.
今後, 医学の進歩や社会の変動に対応し, 本学会の任務はますます重要となると思われる.